当講座の発足は昭和23年に医学部口腔治療学講座教授に永井巌の就任に端を発し、昭和26年の歯学部発足に伴い、口腔外科学講座が開設された。その後、昭和31年の口腔外科学講座から口腔外科学第二講座の分離独立により口腔外科学第一講座となった。以来、初代教授永井巌（昭和23～43年）、教授宮崎正（昭和43～61年）、教授松矢篤三（昭和61～）の指導下、常に口腔外科分野での臨床的、学術的、先駆的施設として歩み、大学教授をはじめ多くの優秀な臨床家及び研究家を輩出した。昭和47年には歯科放射線学講座が、昭和60年には顎口腔機能治療部が分離独立した。平成12年の歯学部の大学院化に伴い、顎口腔病因病態制御学講座（口腔外科学第一教室）と改称されたが、講座の精神は発足当時の気概がそのまま現在の教室員に受け継がれている。

講座発足当初より唇裂口蓋裂に関する研究に重点がおかれ、当講座の学位取得第一号である山本は「日本語音に関する「オッシログラフ」的検討」が研究テーマであった。本疾患に関しては構音的、呼気流的、疫学的、発生学的検討など広い分野で、系統だった研究の継続が、今日の口蓋裂言語治療の基礎を形作った。

一方、腫瘍関係の実験系も永井教授時代にその基礎が形成され、学位としては久米川のポリオーマウイルスの発癌に関する研究がその最初である。

宮崎教授時代に入って、唇裂口蓋裂の研究ではファイバースコープを用いた鼻咽腔閉鎖運動の観察に関する研究が、松矢、山岡を中心として行われ、診断法の基礎となった。また、松矢、西尾を中心として動物実験を用いて軟口蓋筋の神経支配や収縮特性など口蓋帆運動の生理学的特性を明らかにした。腫瘍関連では、従来よりのポリオーマウイルス・発癌に関連して同ウイルス由来の株化培養細胞を用いた研究、あるいは、風疹ウイルスなどによる器官形成異常に関する研究など多岐にわたった。また、白砂はヒト唾液腺多形性腺腫から造腫瘍性を有する導管上皮細胞と筋上皮細胞の細胞株（ＨＳＧ）を樹立し、以降唾液腺腫瘍に関連した研究が多く実施された。

松矢教授就任以降は、唇裂口蓋裂の研究は、口腔機能全般に拡大され実験動物を用いた口腔機能と脳幹に関する基礎的研究に重点がおかれた。最近では古郷が器官付培養脳幹を用いた咀嚼と呼吸運動に関する実験系を確立し、神経生理学的分野でも多くの業績を挙げた。一方、腫瘍関係については口腔癌の転移形成機構を中心に多くの研究が行われた。

最近、海外研究機関との交流が増えており、当講座での研究面の充実が一層図られていくものと考えられる。