当講座の臨床は唇裂口蓋裂並びに悪性腫瘍の治療に重点がおかれている。唇裂口蓋裂治療に関しては、昭和37年には宮崎が中心となって口蓋裂言語治療談話会を発足させ口蓋裂言語の専門的治療の重要性を医学会、歯学会に訴え、更に唇裂口蓋裂治療の多方面的なチームアプローチを提唱した。これらの活動は当時多くの報道を通じて本疾患への社会的理解を深める上で大きな功績を残した。本談話会は、宮崎教授就任後、昭和45年には口蓋裂研究会に、更に昭和52年には日本口蓋裂学会となり、全国レベルで本疾患の治療、研究を発展させた。本院においては昭和48年に口蓋裂言語治療を中心とする診療室が設立され、昭和60年には顎口腔機能治療部が独立した診療部として発足した。松矢教授就任以降も.本疾患への治療体系をより充実させた。昭和61年には宮崎教授が退官後顧問に就任した大阪母子保健総合医療センターに唇裂口蓋裂の集学的治療施設として口腔外科が設立され、現在も大阪南部の唇裂口蓋裂治療の拠点として活躍している。

唇裂口蓋裂手術については唇裂初回手術ではミラード原法に始まり、三角弁法を経て現在は独自の変法を用いている。最近は裂側披裂縁弁を鼻腔底形成に応用することにより良好な外鼻形態を形成している。口蓋裂形成術においてはpush back法を中心に言語治療におけるその有用性を示してきたが、更に顎発育への配慮から現在では、2stage法を用いている。また、顎裂を伴う症例については大半の症例に顎裂部オトガイ骨移植術を用いている。

悪性腫瘍の手術については、特に下顎歯肉癌、舌癌、口腔底癌において、近年再建技術の発達により機能的回復を行える切除可能範囲が拡大し、良好な治療成績が得られるようになった。微小血管外科の応用により、前腕皮弁、腹直筋皮弁、腸骨骨弁、前外側大腿皮弁などの移植が可能となり臨床応用している。

また、近年増加傾向にある術後下顎神経障害の医療訴訟に対して客観的な診断基準を設けるべく、松矢教授が中心となり「口唇麻痺研究会」が設立された。現在では、口腔顔面神経機能学会として、神経障害だけではなく、術後機能障害に関しても研究発表が行われ、口腔外科治療の充実を図っている。